Die Abteilung »Interne Forschungsprogramme« koordiniert die zentral geförderten FuE-Programme der Fraunhofer-Gesellschaft im Volumen von rund zehn Prozent der Fraunhofer-Grundfinanzierung. Mittels dieser Programme werden im Fraunhofer-internen Wettbewerb innovative Projektideen generiert und gefördert. Die Programme befördern u. a. die Kooperation zwischen den Instituten und externen Forschungspartnern, die Vorlaufforschung mit Blick auf kleine und mittlere Unternehmen und die Gewinnung exzellenter Forschender. Sie fördern aufeinander abgestimmt Technologien entsprechend ihres jeweiligen Reifegrades oder erzeugen genügend kritische Masse, um innerhalb des Fraunhofer-Portfolios ein thematisches Profil zu entwickeln.